Podczas wdrażania projektów dofinansowanych z Norweskiego Mechanizmu Finansowego priorytetu 2.9 występuje wiele problemów zarówno ze względów proceduralnych, formalnych, jak i z powodu nieodpowiedniego zarządzania. Czasami źródłem problemów jest siła wyższa np. powódź. Powstałe trudności mają bezpośredni wpływ na czas wdrażania projektów.
Na chwilę obecną wszystkie projekty i programy, których realizacja merytoryczna w ramach priorytetu 2.9 Norweskiego Mechanizmu Finansowego dobiegła końca (21 projektów i 3 programy) osiągnęły sukces, to znaczy ich cele główne, cele szczegółowe oraz wskaźniki projektu/programu zostały osiągnięte. Sukces często jest połowiczny, ponieważ założenia projektowe zostały osiągnięte, ale niewykorzystana została znaczna część grantu w skrajnym przypadku 200 000 euro. Jest to duża strata dla Polski, ponieważ środki te trzeba będzie zwrócić darczyńcom. Nie przyczynią się one do rozwoju społeczno-gospodarczego kraju, nie będą dalej krążyć w gospodarce, tylko zwyczajnie przepadną.
Trzy projekty, w których wystąpiły największe problemy uzyskały zgodę Instytucji Zarządzającej na wydłużenie okresu realizacji o kilka miesięcy tak, by wszystkie cele oraz wskaźniki zostały osiągnięte. Realizacja tych projektów nadal jest zagrożona i może skutkować konicznością zwrotu przez beneficjentów części lub całości dofinansowania. Instytucja Wdrażająca oraz Instytucja Pośrednicząca są zdeterminowane, żeby nie dopuścić do sytuacji, w której środki będą musiały być zwrócone, jednak nie jest wykluczone, że taka sytuacja będzie miała miejsce.